Avant de commencer ce bilan, je préviens que cet article contient des spoilers si vous n'avez pas vu l'épisode 7 de la saison 5. Autre précision: La photo illustrant cet article est volontairement mise en bas pour éviter que toute personne n'ayant pas vu la saison 5 découvre les images en arrivant sur le blog.

En 2008, les survivants du vol Ajira 316, qui s'est posé en catastrophe sur l'île dite d'« Alcatraz », découvrent un homme en costume dans l'eau, que personne n'a vu dans l'avion. Cet homme, c'est John qui a ressuscité! Le lendemain matin (Photo), Ilana, un des survivantes, vient le voir. Elle veut savoir pourquoi personne ne le reconnait. Il lui dit qu'il ne se souvient pas avoir pris cet avion, seulement de sa mort.
Après avoir tourné la roue, Locke se retrouve en Tunisie, où une caméra surveille le lieu où il est arrivé. Dans la nuit, quatre personnes armées arrivent en pick-up et le récupèrent afin de l'amener dans un hopital. Il remarque qu'Abaddon est là et surveille. Le docteur lui remet l'os fracturé en place et le chasseur s'évanouit.
Quand il se réveille dans la nuit, Widmore est à son chevet. Il lui explique avoir fait venir un spécialiste pour sa fracture. John ne le reconnaissant pas, il lui explique qu'ils se sont rencontrés quand il avait 17 ans et dit son nom. Il confirme que cette caméra dans le désert est la sienne, car c'est la sortie de l'île. Puis il explique que Ben lui a fait quitter de l'île alors qu'il avait été le chef des Autres pendant trente ans. Il comprend aussi que Locke est revenu pour ramener les Oceanic Six, même s'il ne veut pas le lui avouer, et lui assure qu'il l'aidera au maximum pour l'aider dans cette tâche car une guerre s'annonce.
Quelques jours après, Charles lui donne des nouveaux papiers, de l'argent et les lieux où vivent les Oceanic Six. Arrive Matthew, qui lui servira de chauffeur, et qui l'oblige à s'asseoir dans un fauteuil roulant.
John va d'abord à Saint Domingue pour y retrouver Sayid, qui refuse de le suivre, trop marqué par les deux qu'il a passé sous les ordres de Linus.
Il va ensuite à New York, où après avoir demandé à Abaddon de retrouver Helen, il va voir Walt pour prendre de ses nouvelles. Celui-ci lui dit qu'il a rêvé de lui, sur l'île, en costume, entouré de gens voulant lui faire du mal. Puis il demande des nouvelles de son père, qu'il n'a pas vu depuis trois ans. Locke ne peut lui avouer la vérité et lui dit simplement qu'il est sur un navire près de l'île. A quelques mètres de là, Ben observe la scène.
A l'asile de Santa Rosa maintenant, le chasseur vient voir Hurley, qui croit d'abord à l'une de ses hallucinations. Surpris quand il apprend que ce n'en est pas une, il refuse de venir après avoir vu Matthew, qui l'avait déjà abordé dans le passé ici-même. Dans la voiture, ce dernier lui explique que son travail pour Widmore est d'aider les gens à aller là où ils doivent se rendre, en référence à leur rencontre passée (Après la chute de John, il l'avait convaincu de faire un périple en Australie).
A Los Angeles, Kate refuse aussi de revenir et ils en viennent à parler tous deux d'Helen. En sortant, Locke demande à son chauffeur s'il l'a retrouvée, ce à quoi il répond non. Mais il ne le croit pas et a raison.
Abaddon l'emmène donc au cimetière de Santa Monica, Norwood ayant eu une rupture d'anévrisme. Au moment de repartir, et alors que Matthew range le fauteuil dans le coffre, celui-ci est abattu dans le dos. Le chasseur prend le volant et démarre en trombe. Mais avec sa jambe fracturée il ne peut maîtriser le véhicule et se fait percuter deux fois au premier croisement.
Il se réveille à l'hôpital et Jack est assis dans sa chambre, car il est chirurgien dans cet établissement. Ce dernier ne veut bien évidemment pas revenir sur l'île et se montre très froid avec le blessé. Quand il s'apprête a quitter la chambre, John lui transmet le bonjour de son père ayant conclu que Christian n'était ni le père de Sayid, ni celui d'Hugo. Quand il lui dit le prénom de son père, Shephard est déstabilisé mais ne change pas d'avis.
Quelques temps plus tard, l'ancien handicapé est dans sa chambre d'hôtel. Il écrit la lettre de suicide destinée au chirurgien et s'apprête à se pendre quand rentre Linus qui veut l'empêcher de passer à l'acte. Il avoue qu'il a tué Abaddon, selon lui pour le protéger avant que ce ne soit ce dernier qui tue Locke. Selon l'ancien chef des Autres, Charles le manipule afin de revenir sur l'île. John doute et dit qu'il a echoué dans sa quête, en pleurs. Benjamin l'informe alors que Jack a pris un billet d'avion aller-retour vers Sydney pour lui montrer qu'il peut encore réussir, puis l'implore et l'aide à descendre. Il lui propose d'aller voir Sun, mais l'ancien handicapé refuse car Jin est vivant et a promis qu'il ne la ferait pas revenir. Puis il lui explique qu'une fois tout le monde réunit, ils devront voir Eloïse Hawking pour retourner sur l'île. Une fois cette information divulguée, Linus prend la corde et étrangle Locke jusqu'à ce que mort s'en suive. Il efface ses traces et maquille la scène comme un suicide. Avant de partir, il dit à celui qu'il vient de tuer qu'il lui manquera.
Sur l'île désormais, le ressuscité rentre dans un bureau d'une station Dharma où Ceasar, un autre rescapé, tente d'en savoir plus sur le lieu où ils se sont crashés. Il lui raconte avoir passé environ 100 jours ici mais ne sait pas vraiment comment il est revenu. Ceasar lui confesse avoir lui aussi un mystère, et décrit comment les Oceanic Six ont disparu dans l'avion après un flash et avant le crash. John voulant trouver des gens qu'il connait, il lui montre ensuite les passagers blessés. Parmi eux se trouve Ben, que Locke décrit comme « l'homme qui m'a tué ».

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